Гонорея передается женщинам половым путем; внеполовое заражение (через белье, полотенца) наблюдается очень редко (у детей). Для гонококков характерны следующие признаки: внутриклеточное расположение (в протоплазме лейкоцитов), бобовидная форма диплококка, отрицательное отношение к окраске по Граму. Гонококки поражают отделы половой системы, выстланные цилиндрическим эпителием: слизистую оболочку цервикального канала, тела матки, маточных труб, покровный эпителий яичников. Подвержены гонорейной инфекции слизистая оболочка уретры, парауретральных ходов, выводных протоков больших желез преддверия влагалища (бартолиновы железы), прямой кишки. Слизистая оболочка влагалища покрыта плоским многослойным эпителием, устойчива к гонорейной инфекции. Только при изменениях, связанных с беременностью и возрастом, возможно возникновение кольпита гонорейной этиологии. Гонококки содержат эндотоксин (освобождается при их распаде), поступающий в организм больной. В замкнутых полостях (например, гидропиосальпинкс) гонококки погибают, чему способствует их собственный эндотоксин. Иммунитет к гонококку практически не вырабатывается. Имеются указания на возможность возникновения относительно нестойкого иммунитета к «собственному» штамму гонококков.

Гонококки чувствительны к повышенной температуре (выше 40° С), высыханию, действию химических соединений. Под влиянием антибиотиков, сульфаниламидных и других препаратов происходит, изменение морфологических, биологических и тинкториальных свойств гонококков. Указанные свойства изменяются также при длительном течении заболевания. Установлено наличие особой формы существования гонококков (так называемые L-формы), отличающейся от типичной морфологическими и биологическими свойствами. L-формы гонококков в соответствующих условиях могут вновь приобрести типичные свойства возбудителя. Инкубационный период при гонорее обычно длится 3—4 дня. Первый очаг заболевания может быть полностью излечен в сравнительно короткий срок. При неправильном лечении или отсутствии его инфекционный очаг существует длительное время.

Гонорейный процесс распространяется в основном по продолжению. При этом поражаются слизистая оболочка матки и маточных труб, покровный эпителий яичников и тазовая брюшина. Таким образом, гонорейная инфекция распространяется по «каналам» (каналикулярный путь) в отличие от септической инфекции, которая распространяется лимфогенным и гематогенным путями.